„Evadarea virală” ar putea fi controlată

Unul dintre motivele pentru care este atât de dificil să se producă vaccinuri eficiente împotriva virusurilor, precum HIV, este că acestea suferă mutaţii genetice foarte rapid. Acest lucru le permite să se ferească de anticorpii generați de un anumit vaccin, printr-un proces cunoscut sub numele de „evadare virală”. Cercetătorii de la Institutul Tehnologic din Massachusetts au descoperit o nouă modalitate de a controla această „evadare virală”. Astfel, noua tehnică poate detecta din timp secțiunile proteinelor virale de suprafaţă mai susceptibile la a suferi mutaţii și poate identifica, de asemenea, secțiunile mai puțin susceptibile.

Etapele studiului

Multe tipuri de virusuri suferă mutații genetice diferite, iar HIV și virusul gripal se numără printre cele care experimentează cele mai rapide mutaţii. Pentru a avea loc „evadarea virală”, mutaţiile trebuie să ajute virusul să-și schimbe forma proteinelor de suprafață, astfel încât anticorpii să nu se mai poată lega de ele.

Echipa de cercetători a decis să descopere factorii care influenţează aceste mutaţii cu ajutorul unui model de calcul cunoscut sub numele de model de limbaj. Aceste modele au fost inițial concepute pentru a analiza tiparele în limbaj, adică frecvența cu care apar anumite cuvinte împreună. Această tehnică poate prezice ce cuvinte ar putea fi folosite pentru a forma anumite propoziţii.

Modelele de limbaj folosite în determinarea factorilor cauzatori de mutaţii

Cercetătorii s-au folosit de un model de prelucrare a limbajului natural pentru a analiza tiparele găsite în secvențele genetice, ceea ce le permite să descopere secvenţele cu funcții noi, dar care respectă în continuare regulile biologice ale structurii proteinelor. Un avantaj al acestei tehnici este că necesită doar informații de secvență, care sunt mult mai ușor de obținut decât structurile proteice.

Modelul poate fi instruit pe o cantitate relativ mică de informații – în acest studiu, cercetătorii au folosit 60.000 de secvențe HIV, 45.000 secvențe gripale și 4.000 secvențe coronavirus. De exemplu, în cazul virusului gripal, modelul a dezvăluit că secvențele cel mai puțin susceptibile de a suferi mutaţii se află în tulpina proteinei HA.

Sursa: sciencedaily.com